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      SeqStudio基因分析儀
      SeqStudio基因分析儀
      英文名稱:總訪問:2902
      國產/進口:進口半年訪問:341
      產地/品牌:美國應用生物系統公司(ABI)產品類別:DNA測序/基因分析儀
      型       號:SeqStudio 最后更新:2019-10-2
      貨       號:
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      Sanger測序和片段分析的最新創新成果

      Applied Biosystems™ SeqStudio™基因分析儀:
      • 使用全新的SeqStudio基因分析儀進行測序和片段分析
      • 直觀的運行設置和實時質控結果監控 • 通過連接功能無縫整合到Thermo Fisher Cloud現有測序應用組合中
      • 集數款強大的Sanger測序和片段分析應用亮點于一體,包括:
       - 質粒測序
       - 腫瘤學研究
       - 種屬鑒定
       - CRISPR-Cas9基因組編輯分析
       - 人細胞系鑒定
       - Applied Biosystems™ SNaPshot™ 基因分型
       - 用多重連接探針擴增 (MLPATM) 技術分析人拷貝數變異 (CNV)

      Applied Biosystems™基因分析儀以可靠性和值得信賴的結果為立足點。作為Applied Biosystems™毛細管電泳 (CE) 基因分析儀產品系列的最新成員,SeqStudio基因分析儀同樣基于這一理念,但同時又追求易用、易維護,易于存取和分享數據。在本應用指南中,我們將介紹其獨一無二的先進特性——將Sanger測序和片段分析的可靠性,與遠程監控和云應用便利性結合在一起。

      多功能卡夾
      這款儀器的易用性在于最大限度提高效率和便利的新型卡夾設計。SeqStudio基因分析儀采用一種含有毛細管陣列、 POP膠以及陽極緩沖液的多功能卡夾。該卡夾可插拔,并可在儀器上存放達四個月之久。每個卡夾上均含有SeqStudio 系統所獨有的新型聚合物,無需重新配置即可進行Sanger 測序和片段分析。多達四個毛細管可以處理來自標準96孔板或8聯管的樣品。卡夾和陰極緩沖液容器均帶有射頻識別 (RFID) 標簽,可跟蹤二者各自在儀器上加樣(卡夾)和存放的時長(陰極緩沖液)。這一特性使科研人員可以利用同一臺儀器,根據需要管理并使用自己的卡夾,進一步提高靈活性。最后,SeqStudio基因分析儀的維護工作也得到簡化。儀器校準工作通過成像和算法工具的先進功能自動化完成。

      緊湊的儀器設計
      SeqStudio儀器具有小巧的外形,同時配有機載計算機和一體觸摸屏,讓您可快速、直觀、靈活地進行運行設置。運行軟件經過專門配置,可在運行不中斷的情況下,在同一塊板上設置測序和片段分析反應并在儀器上運行。這一特性開辟了簡化分析的全新機會——例如,在同一次CE 運行中,您可將基于測序的位點突變篩選檢測與基于片段分析的CNV檢測結合在一起。

      連通體驗
      通過整合無線連接功能,儀器的便利性提升至全新水平,由此可通過聯機觸摸屏,遠程計算機和移動設備APP 操作儀器。用戶可使用聯機計算機或獨立的軟件 PlateManager(在Thermo Fisher Connect或單獨的計算機上工作的獨立軟件)來設置運行。通過使用基于網頁瀏覽器的軟件,只要能上網,就能隨時隨地地訪問運行設置、反應板圖、運行條件和分析設置。加樣條件、重新加樣和重新調整加樣次序可在運行期間調整,從而最大限度提高從每塊板采集優質數據的能力。采集數據后,基于網頁瀏覽器的應用程序組合包(Sanger Quality Check、Sanger Variant Analysis和Next-Generation Confirmation (NGC))可輕松、方便地分析數據。完成運行后,DNA序列變異、序列比對,以及片段分析工作均可立即開展。最后,云連接允許合作機構在不同地點監控、存取和分享數據信息,快速分析統一數據集。在本應用指南中,我們將演示如何將全新的SeqStudio基因分析儀無縫整合到部分最常見的Sanger測序和片段分析應用中。SeqStudio基因分析儀的易用性和數據分析便利性,可為研究人員帶來最大限度的靈活性,使該系統成為基因分析工具包之中必不可少的新利器。

      質粒測序
      Sanger測序最常見應用之一是分析亞克隆到質粒之中的插入片段。Applied Biosystems™ BigDye™化學試劑被Sanger 測序廣泛使用,是質粒測序工作流程不可分割的一部分。 SeqStudio平臺的部分新特性包括,可讓質粒測序研究人員獲益。該儀器預先加載了針對短 (<300 bp)、中 (500 bp) 和 (>600 bp) 長讀長應用優化的測序模塊,還可針對特殊要求進行定制。其配備的可插拔式卡夾可關聯單獨的項目和用戶。基于云的Sanger Quality Check應用程序包含了一套分析測序痕量數據直觀工具。最后,云連接功能支持遠程監控、存取和分享測序信息,有助于合作機構快速分析統一數據集。

      通過pGEM7zf+質粒、M13引物和Applied Biosystems™ BigDye™ Terminator v3.1化學試劑,測定SeqStudio儀器的質粒測序性能。通過Thermo Fisher Cloud(圖3)上的Sanger Quality Check模塊分析測序痕量數據,獲得分析結果。在本實例中,測序16個孔內的相同質粒,并在SeqStudio基因分析儀上通過4次加樣分析。請注意,各樣品的痕量數據得分、峰間 (PUP) 值、連續讀長 (CRL) 和QV20+(質量值大于>20的長度)相似。使用Applied Biosystems™ BigDye™ Terminator v1.1化學試劑進行的其他序列測序和實驗獲得了相似結果。這些數據表明,SeqStudio平臺可以獲得極高質量的質粒測序結果。

      腫瘤學研究、二代測序驗證
      臨床研究人員可采用SeqStudio基因分析儀保證金標準檢測質量,驗證腫瘤組織中是否存在突變等位基因。SeqStudio 系統通過整合以下工具,簡化了Sanger測序工作流程:

      • 針對提取自福爾馬林固定石蠟包埋組織的片段化DNA, SeqStudio基因分析儀預裝載了經過優化的運行模塊。
      • 基于云的NGC模塊,允許研究人員通過Sanger測序痕量數據,快速驗證二代測序 (NGS) .vcf文件發現的變異。
      • 頻率低至5%的等位基因變異,可采用Applied Biosystems ™ Minor Variant Finder (MVF) 軟件以及SeqStudio儀器生成的Sanger痕量數據檢測出來。
      • Applied Biosystems™ BigDye™ Direct和BigDye XTerminator™化學試劑提供了單管測序和回收解決方案,簡化了Sanger測序工作流程。

      SeqStudio基因分析儀檢測腫瘤樣品突變等位基因的性能,可通過分析源自10份不同FFPE腫瘤樣品的基因組DNA、測定4種不同熱點區域的變異頻率來測定。采用Ion Torrent™ Oncomine™ Oncology Focus Panel進行NGS,通過BigDye Direct/BigDye XTerminator化學試劑和MVF軟件進行Sanger 測序,測定突變等位基因的頻率。通過與NGS測得的等位基因頻率相比較(約9%-70%),SeqStudio基因分析儀測得的頻率相關性非常出色。

      SeqStudio基因分析儀的變異頻率分析能力,也可使用含有靶向KRAS和NRAS中最常見致瘤突變的Sanger測序引物的 96孔板進行測定。使用SeqStudio精確測定1 ng稀釋的FFPE 來源DNA中低頻等位基因頻率。因此,需要檢測罕見等位基因的研究人員可充分信任SeqStudio基因分析儀能夠產生FFPE組織精確分析結果。

      最后,基于云的NGC應用可以根據擴增子和樣品組織整理 Sanger測序數據,并與.vcf文件之中的候選變異序列進行比對,簡化了NGS變異數據的驗證工作。為了展示NGC APP 在腫瘤學工作流程之中的應用,我們采用Sanger測序,驗證通過Oncomine Oncology Focus panel發現的NRAS突變是否存在。 SeqStudio結果證明 NRAS (p.Ala59Thr) 中的突變存在。因此,NGC APP對測序痕量數據最有意義部分的集中、快速檢驗,有助于促進NGS變異驗證工作。

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